Detailní dokumentace pro odpočty na výzkum a vývoj je podstatná pro možnost uplatnění daňového zvýhodnění
NSS v nedávném rozhodnutí potvrdil, že nedostatek přehledné dokumentace může vést k odmítnutí odpočtu správcem daně bez dalšího zkoumání obsahu projektu. NSS potvrdil, že pokud dokumentace nesplňuje formální kritéria, správce daně nemusí dokonce ani přistupovat k hodnocení materiálního obsahu projektu a jeho přínosu.
Novela zákona o daních z příjmů, která se použije pro daňové kontroly zahájené po 1. lednu 2024, navíc umožňuje v případě pochybností správce daně prokazovat obsahové náležitosti projektové dokumentace dalšími důkazními prostředky. Nová úprava tak umožňuje již předloženou dokumentaci doplnit dalšími důkazními prostředky, nedává však možnost doplňovat již předloženou schválenou projektovou dokumentaci, pokud nesplňuje náležitosti stanovené zákonem.
I nadále tedy platí, že projektovou dokumentaci je nutné připravovat s velkou péčí. Projekty by měly jednoznačně vymezovat cíle výzkumu, metody kontroly a ověření jejich výsledků a všechny skutečnosti by měly být detailně doloženy pro případ kontroly správcem daně.